Điểm mới trong mùa hai đó là Top 20 có một đêm ra mắt khán giả hoành tráng, không chịu áp lực tranh tài. Cùng hai vũ công khách mời từ So you think you can dance Mỹ: Joshua Allen (quán quân mùa 4) và Chehon Wespi Tschoop (quán quân mùa 9), Top 20 sẽ ra mắt khán giả trong đêm “Gặp Gỡ Top 20” – đêm biểu diễn tưng bừng khắc họa từng gương mặt, cá tính, câu chuyện của thí sinh trước khi bước vào giai đoạn tranh tài cho ngôi vị “Vũ công được yêu thích nhất”.
Tất cả các tiết mục trong đêm “Gặp gỡ Top 20” đều là biểu diễn nhóm. Dựa vào thể loại sở trường của từng cá nhân, Ban tổ chức chia các thí sinh thành các nhóm biểu diễn thế mạnh của mình như múa đương đại, jazz, hiphop và dancesport, do Tuyết Minh, John Huy Trần, Quỳnh Lan, Việt Max – Hà Lê, Đạt Minh, Hoàng Khải, Y Thanh biên đạo. Đan xen giữa các tiết mục là những đoạn clip kể lại hành trình đến vòng Chung kết của từng thí sinh. Sau đêm Gala 1 – "Gặp gỡ Top 20" (không loại), sang tuần thứ hai, thí sinh bắt đầu tranh tài theo cặp.
Vòng Chung kết tại TP.Hồ Chí Minh được truyền hình trực tiếp trong 11 tuần. 20 thí sinh biểu diễn nhiều thể loại nhảy múa dưới sự hướng dẫn của các biên đạo. Mỗi tuần, hai thí sinh chia tay chương trình, bốn thí sinh cuối cùng tranh tài cho danh hiệu “Vũ công được yêu thích nhất” sẽ đăng quang trong đêm Gala trao giải.
Khác với mùa một, tiêu chí loại thí sinh sẽ nghiêm khắc và khó khăn hơn trong mùa hai dựa trên phần biểu diễn trong các đêm diễn trước, khả năng solo qua thử thách quyết định 30s, và lấy ý kiến từ các biên đạo hướng dẫn luyện tập.
Mỗi tuần có một hoặc hai giám khảo khách mời đồng hành cùng hai giám khảo chính (Chí Anh và Tuyết Minh). Trong mùa hai, ngoài Ngô Thanh Vân, Đoan Trang thì Thu Minh và Hoài Linh cũng góp mặt trong vị trí này.
Đêm Gala trao giải, 20 thí sinh cùng các khách mời đặc biệt sẽ tham dự và biểu diễn trong đêm công bố kết quả. Thí sinh có phiếu bình chọn nhiều nhất từ khán giả sẽ giành danh hiệu “Vũ công được yêu thích nhất” của Thử thách cùng bước nhảy – So you think you can dance (TTCBN/SYTYCD), đạt giải thưởng 400 triệu đồng và một năm làm việc tại Dancenter, TP.HCM.
TTCBN/SYTYCD được phát sóng toàn quốc trên các kênh: HTV7, VTV – Cần Thơ 1, Giải trí TV, DRT, HN1&2, và YanTV. 10 đêm Gala biểu diễn được phát sóng lúc 21g thứ bảy hàng tuần, từ ngày 21/9/2013. Tám đêm công bố kết quả được phát sóng vào lúc 21g chủ nhật hôm sau, từ ngày 29/9/2013. Đêm Gala trao giải được phát sóng lúc 21 giờ thứ bảy, ngày 30/11/2013, sau đó sẽ là tập tổng kết chương trình: Khoảnh khắc đáng nhớ TTCBN/SYTYCD 2013.
Hai mươi thí sinh vào vòng chung kết: Phạm Thị Ngọc Anh, Nguyễn Lan Anh, Nguyễn Thị Mỹ Linh, Nguyễn Ngọc Tiên, Tăng Phi Phụng, Trần Ngọc Thùy Vân, Triệu Hồng Vân, Đoàn Vũ Minh Tú, Phạm Gia Hân, Hoàng Mỹ An; và Nguyễn Đoàn Minh Trường, Nguyễn Vũ Hoàng Minh, Nguyễn Ngọc Thịnh, Thái Ngọc Tuấn, Hoàng Thái Sơn, Phạm Bảo Long, Dương Đình Hải, Phạm Thế Chung, Hoàng Chí Thanh, Đặng Đình Lộc.