Gia nhập Lyon từ Porto vào năm 2009 với mức gái 12 triệu Euro, Aly Cissokho nhanh chóng khẳng định được giá trị của mình. Không chỉ thủ tốt, cầu thủ 23 tuổi này còn có khả năng hỗ trợ tấn công khá hay. Trong đội hình của Lyon mùa này, Cissokho là một trong ít người chơi ổn định nhất.
Khi được hỏi về Premier League, Cissokho nói: "Tôi nghĩ rằng đây là một giải đấu phù hợp với tôi. Đây là nơi mà bạn có thể thể hiện sức mạnh và có thể có được những bước tiến trong sự nghiệp." "Cho dù đó là Manchester United, Arsenal, Man City, Liverpool hay Chelsea đi nữa, đó cũng là câu lạc bộ bạn mơ ước." Nhưng Cissokho nhấn mạnh rằng mình hài lòng tại Lyon lúc này: "Tôi hạnh phúc khi được thi đấu cho Lyon, tôi đang ở trong một câu lạc bộ tốt nhất ở Pháp, và mọi người kì vọng rất nhiều về tôi."