Theo lương y Vũ Quốc Trung (Hội Đông y Hà Nội), trong Đông y, ngải cứu có tính ấm, vị đắng, mùi thơm, chữa được nhiều bệnh, lại có thể kết hợp với thực phẩm chế biến thành nhiều món ăn bổ dưỡng thơm ngon. Ngải cứu thường dùng để điều trị các chứng phụ nữ kinh nguyệt không đều, có thai ra huyết; chảy máu cam, đái ra máu, viêm da dị ứng, điều hòa khí huyết, an thai hoặc đau bụng do lạnh, kiết lỵ… Ngải cứu có thể sao khô để sắc lên uống hoặc chế biến cùng trứng, thịt gà, thịt lợn để làm các món ăn ngon bổ.
Trong dân gian cách chế biến ngải cứu thông dụng là cắt nhỏ ngải cứu tráng với trứng gà để trị trứng đau đầu. Gà tần ngải cứu có tác dụng hoạt huyết, tăng cường sức khỏe, xương cốt dẻo dai. Canh ngải cứu nấu thịt nạc giúp phụ nữ có kinh nguyệt không đều, khí hư, thường bị đau bụng do lạnh. Còn món cháo ngải cứu với đường đỏ giúp an thai, giảm đau khớp. Ngoài ra, ngải cứu tươi hoặc khô có thể sắc nước uống như pha trà, uống 2-3 lần mỗi ngày cũng có tác dụng tăng cường sức khỏe tương tự. Thậm chí người bị mụn trứng cá có thể giã ngải cứu đắp mặt. Trẻ bị rôm sảy, ghẻ lở có thể xay nát lá ngải cứu, lọc lấy nước rồi pha vào nước tắm hàng ngày, cho đến khi các vết mụn, rôm lặn hết.
Tuy nhiên, theo lương y Trung, ngải cứu có nhiều độc tố gây ra các tác dụng trái ngược với mong muốn. Ngải cứu giúp điều hòa kinh nguyệt, an thai nhưng dùng quá nhiều lại tăng nguy cơ ra máu, tử cung co bóp nhiều dễ dẫn đến sảy thai. Đặc biệt người viêm gan không nên ăn ngải cứu vì thành phần trong tinh dầu ngải cứu có thể gây rối loạn chuyển hóa của tế bào gan. Do đó, người bệnh chỉ nên uống khoảng 3-5g ngải cứu sắc khô (9-15g tươi) mỗi ngày. Cũng chỉ nên sử dụng theo từng đợt, khi bệnh khỏi thì ngừng.