Ông Dương Tự Trọng cùng 6 đồng phạm bị Viện KSND Tối cao truy tố về hành vi “Tổ chức người khác trốn đi nước ngoài” theo Điều 275 Bộ Luật hình sự. Theo cáo buộc của Viện KSND Tối cao, bị can Dương Tự Trọng là người khởi xướng, chủ mưu, chỉ đạo và giao cho các đồng phạm tổ chức đưa Dương Chí Dũng - nguyên Cục trưởng Cục Hàng hải - nguyên Chủ tịch HĐQT Vinalines trốn sang Campuchia ngày 23/5/2012 qua khu vực biên giới cửa khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh.
Với vai trò chủ mưu, cầm đầu, Dương Tự Trọng bị truy tố theo Khoản 3, Điều 275, Bộ Luật Hình sự. Cơ quan truy tố nhận định, trong quá trình điều tra, ông Trọng chưa thành khẩn, song lời khai của các bị can và các đối tượng có liên quan phù hợp với tài liệu, chứng cứ khác đã được điều tra, thu thập trong vụ án. Các cơ quan điều tra khẳng định có đủ căn cứ xác định hành vi phạm tội của bị can Dương Tự Trọng.
Cáo trạng cũng khẳng định, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phạm tội có tổ chức, do Dương Tự Trọng là người chủ mưu, cầm đầu. Bằng nhiều thủ đoạn tinh vi như sử dụng sim rác, thường xuyên thay đổi số điện thoại, thay đổi địa điểm để trốn... Các đối tượng thực hiện từng phần việc khác nhau nhằm che giấu hành vi phạm tội đã xâm hại trực tiếp đến trật tự quản lý nhà nước trong lĩnh vực xuất nhập cảnh. Vụ việc đã cản trở, gây khó khăn rất lớn đến quá trình điều tra vụ án “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” và “Tham ô tài sản” xảy ra tại Vinalines do Cơ quan cảnh sát điều tra – Bộ Công an khởi tố điều tra mà Dương Chí Dũng là bị can chính trong vụ án; tạo dư luận xã hội không tốt, gây mất lòng tin của nhân dân và ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật.
Với việc bị truy tố theo theo Khoản 3, Điều 275, Bộ Luật hình sự, bị can Dương Tự Trọng sẽ phải đối mặt với án từ 12 đến 20 năm tù giam.