Theo quy định của AFC, các đội được chia thành 6 nhóm hạt giống, mỗi nhóm gồm 2 đội. Đội cùng nhóm hạt giống sẽ không nằm chung bảng với nhau.
AFC sẽ tiến hành bốc thăm chia 12 đội bóng sẽ được làm 2 bảng, mỗi bảng 6 đội. Các đội tuyển sẽ thi đấu vòng tròn 2 lượt để tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. 4 đội nhất nhì ở 2 bảng sẽ đi thẳng tới VCK FIFA World Cup Qatar 2022, hai đội xếp thứ 3 sẽ tranh vé đá play-off với đại diện của một châu lục khác.
Do nằm ở nhóm hạt giống số 6, đội tuyển Việt Nam được bốc thăm ở lượt đầu tiên và rơi vào bảng B cùng với Nhật Bản, Australia, Ả rập Xê út, Trung Quốc và Oman.
Đội tuyển Nhật Bản đang được đánh giá là đội bóng mạnh nhất châu Á. Đội bóng này đang xếp thứ 28 thế giới, theo bảng xếp hạng hiện tại của FIFA. "Samurai xanh" sở hữu một tập thể đang có chiều sâu đội hình với nhiều ngôi sao đang thi đấu ở châu Âu.
Australia xếp hạng 41 thế giới theo BXH FIFA. Các đối thủ tiếp theo của Việt Nam là Saudi Arabia (hạng 65 thế giới), Trung Quốc (hạng 77) và Oman (hạng 80).
Trong khi đó, bảng A sẽ bao gồm các đội tuyển: Lebanon, Syria, Iraq, UAE, Hàn Quốc, Iran.
Dự kiến, các lượt trận của Vòng loại thứ ba sẽ diễn ra vào các ngày: 2/9/2021, 7/9/2021, 7/10/2021, 12/10/2021, 11/11/2021, 16/11/2021, 27/1/2022, 1/2/2022, 24/3/2022 và 29/3/2022.