Bắt đầu từ 1600, chế độ chính trị phong kiến nước Đại Việt có hình thái mới: có vua và có chúa cùng cầm quyền cai trị nước, mà chưa một thời kỳ phong kiến nào trong lịch sử đã có. Và từ đấy, bắt đầu một thời kỳ "Vua Lê - Chúa Trịnh".
Tuy nhiên, một nghịch lý rõ nhất là nhà Hậu Lê từ khi Trung Hưng lên, con cháu đa số làm vua bù nhìn, chỉ có mặt trong những dịp lễ lạc hoặc khi tiếp sứ Tàu... vì quyền chính trị nằm cả trong tay của Chúa Trịnh. Nhà vua không được bàn bạc, thậm chí cả những chỉ dụ cũng do Chúa Trịnh thảo ra, đóng dấu vào và vua chỉ có việc phê nét bút son...
Điều đó vẫn chưa phải tất cả! Sách Đại Việt sử ký toàn thư ghi: "Vào năm Canh Ngọ 1630, niên hiệu Đức Long thứ 2, tháng 5, Vua lấy con gái Vương (Trịnh Tráng) là Trịnh Thị Ngọc Trúc, lập làm hoàng hậu. Trước, Ngọc Trúc đã lấy người bác họ của Vua là Cường quận công Lê Trụ, sinh được 4 con.
Khi ấy, Lê Trụ bị giam, Vương đem Ngọc Trúc gả cho Vua. Vua lấy vào cung. Triều thần là Nguyễn Trực, Nguyễn Danh Thế nhiều lần dâng sớ can. Vua không nghe mà nói rằng: Xong việc thì thôi, lấy gượng vậy. Từ hôm ấy trở đi, trời mưa dầm ngày đêm không ngớt...".
Khi nhập cung, Hoàng hậu Trịnh Thị Ngọc Trúc không chỉ có vai vế là trưởng bối, mà còn hơn vua Thần Tông đến mười hai tuổi. Song, ở ngôi vị quốc mẫu không được bao lâu, bà Ngọc Trúc đã mang theo con gái Ngọc Duyên (con của bà và Lê Trụ) rời cung, tu hành tại chùa Bút Tháp ở phía tây thôn Bút Tháp, xã Đình Tổ, huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh ngày nay.
Linh mục Alexandre de Rodes từng viết về bà hoàng Trịnh Thị Ngọc Trúc: "Bà rất thông chữ Hán, giỏi về thơ, chúng tôi gọi bà là Ca-tê-ri-na vì bà giống Thánh nữ về nhiệt tâm cũng như đạo hạnh, về những đức tính tinh thần cũng như sang trọng về dòng họ".
Không chỉ Vua Lê Thần Tông bị Chúa Trịnh Tráng ép duyên, theo sử sách, dưới sự sắp đặt của Trần Thủ Độ, Hoàng đế Trần Thái Tông đã cưới Thuận Thiên công chúa - vợ của anh trai Trần Liễu, đồng thời là chị gái của người vợ Chiêu Thánh - nữ hoàng duy nhất và cuối cùng của nhà Lý , người đã trút bỏ hoàng bào, xuống chiếu truyền ngôi cho chồng.
Đại Việt sử kí toàn thư chép câu chuyện xảy ra vào năm Đinh Dậu (1287) như sau: “Bấy giờ, Chiêu Thánh không có con, mà Thuận Thiên đã có thai Quốc Khang được ba tháng. Trần Thủ Độ và Công chúa Thiên Cực (nguyên Hoàng hậu của Vua Lý Huệ Tông, sau gả cho Trần Thủ Độ) bàn kín với Vua là nên mạo nhận lấy để làm chỗ dựa về sau. Vì thế, Liễu hợp quân ra sông Cái làm loạn.
Vua lấy làm áy náy trong lòng, ban đêm ra khỏi kinh thành, chạy đến chỗ quốc sư Phù Vân là bạn cũ, trên núi Yên Tử rồi ở luôn tại đó. Hôm sau, Thủ Độ dẫn các quân đến mời nhà vua trở về kinh sư. Vua nói: Trẫm vì non trẻ, chưa cáng đáng nổi sứ mạng nặng nề, phụ hoàng lại vội lìa bỏ, sớm mất chỗ trông cậy nên không dám giữ ngôi vua, sợ làm nhục đến xã tắc. Thủ Độ cố nài xin nhiều lần vẫn chưa được, mới bảo với mọi người rằng: Xa giá ở đâu tức là triều đình ở đó. Nói rồi, cắm nêu trong núi, chì chỗ này là điện thiên An, chỗ kia là Đoan Minh Các, sai người xây dựng…”
Sau này, những sử gia đương thời cho rằng, tam cương ngũ thường là luân lí lớn của loài người. Thái Tông là ông vua khai sáng cơ nghiệp, đáng lẽ phải dựng phép tắc để truyền lại cho đời sau, lại nghe mưu gian của Thủ Độ, lấy vợ của anh làm hoàng hậu, chẳng phải là bỏ cả luân thường, mở lối dâm loạn đó ư?...