Theo sử sách, bà Ngọc Huyên là người chống nhà Tây Sơn một cách quyết liệt và là một trong số ít nữ kiệt hoạt động tình báo hiệu quả nhất, góp phần mang lại chiến thắng cho ông hoàng sáng lập triều Nguyễn.
Đau xót vì lăng tẩm dòng họ bị khai quật... Sử sách ghi: Công nữ Ngọc Huyên do cung tần họ Tống sinh ra; lớn lên thì được gả cho Chưởng cơ Nguyễn Cửu Thống. Năm Giáp Ngọ (1774), nhân lúc đàng Trong quân Tây Sơn nổi lên chống nhà Nguyễn, Trịnh Sâm sai Hoàng Ngũ Phúc vào đánh phú Xuân, chiếm giữ được Thuận Hóa. Lúc đó, chồng chết, bà Ngọc Huyên không chạy theo quân Nguyễn vào Gia Định, mà ở lại xã Vân Dương (huyện Hương Thủy) cắt tóc đi tu. Vì thế, bà mới có tên gọi sư cô Vân Dương, hay bà vãi Vân Dương. Sau khi chiếm được Phú Xuân, quân Tây Sơn đã phá hủy tan tành lăng tẩm của các chúa Nguyễn. Quá đau xót đến phẫn uất, bà Ngọc Huyên nuôi chí chống Tây Sơn. Bà sai con rể là Nguyễn Đức Tuấn cùng sư già thân tín bí mật đến các xã Định Môn, Kim Ngọc, Cự Chính... căn dặn người dân địa phương theo dõi và tìm cách bảo quản hài cốt của Nguyễn Phúc Luân (thân sinh Nguyễn Ánh). Đồng thời, nhất cử nhất động của quân Tây Sơn, từ lương thực đến các hoạt động huấn luyện quân sĩ, đều được bà thông tin cho Nguyễn Ánh ở Gia Định... Thậm chí, bà vãi Vân Dương còn chép tập Hoài Nam Ca khúc của Hoàng Quang (người xã Thái Dương) sáng tác, với nội dung lòng dân vẫn còn có người hướng về dòng họ Nguyễn, để dâng lên Nguyễn Ánh. ... Chiến công thầm lặng Sách Chuyện các bà trong cung Nguyễn viết: Nguyễn Ánh đã lấy chùa nơi bà trụ trì làm căn cứ hoạt động cho lính trinh thám nhà Nguyễn. Đức Tuấn được giao tiền bạc đi chiêu dụ dân chúng, nhất là binh tướng của Tây Sơn. Nguyễn Ánh còn giao cho bà nhiều giấy tờ đóng sẵn dấu triện của Nguyễn Vương (tức Nguyễn Ánh) để bà tùy cơ điền vào mà ban cấp. Tuy nhiên, việc làm của bà đã bị quân Tây Sơn phát hiện, đến vây nhà. Cũng may, lúc đó mọi người đi vắng, không bắt được ai, quân Tây Sơn lấy một ít của cải của bà rồi rút đi. Tưởng bà sẽ sợ mà an phận tu hành, nào ngờ còn thâm nhập sâu hơn vào nội bộ quân Tây Sơn. Năm Đinh Tỵ (1797), quan bộ binh của Tây Sơn là Nguyễn Đại Phát đi trấn thành Quy Nhơn, bà dò biết ông Phát đã mệt mỏi với nhà Tây Sơn, liền sai Đức Tuấn đi theo tiễn chân. Đến đoạn đường vắng, Đức Tuấn đọc cho ông Phát nghe một câu của ông Khoái Triệt ngày xưa: "Thời hồ thời hồ bất tái lai”. Tạm dịch: Thời gian và cơ hội không trở lại lần thứ hai. Hiểu ý, ông Đại Phát đã quy thuận Nguyễn Ánh. Tiếp đó, phát hiện trong nội bộ Tây Sơn có chuyện bè đảng, tướng tài Lê Chất đã giả chết, về ở ẩn ở núi Trà Đông, vậy là bà sãi sai người đến dụ ông Chất về hàng và sau này, đã trở thành công thần nhà Nguyễn được phong tước quận công. Năm Canh Thân (1800), quân Tây Sơn tập trung vây thành Quy Nhơn, bỏ trống thành Phú Xuân. Bà Huyên cho người khảo sát tình hình, vẽ bản đồ đồn sở bố trí của quân Tây Sơn ở cửa biển Tư Hiền và Thuận An, rồi biệt phái người theo đường núi vào nơi đóng quân của Nguyễn Ánh. Nhờ tin tức tình báo có một không hai đó của bà Ngọc Huyên, Nguyễn Ánh đã tổ chức đánh Phú Xuân, phá tan cuộc hành quân của quân đội Tây Sơn. Năm Tân Dậu (1801), Nguyễn Ánh lấy được Phú Xuân. Năm 1802, Nguyễn Ánh lên ngôi vua, lấy niên hiệu là Gia Long, đã ban cấp lương bổng hàng năm và xây phủ đệ riêng cho bà vãi Vân Dương. Năm 1809, bà Ngọc Huyên mất, nhà vua đã sai lo tang lễ trọng thể, táng ở xã Dương Xuân, cấp cho 5 người coi mộ; đồng thời lấy nơi bà ở làm đền thờ.