Sau khi thiết lập và duy trì chế độ độc tài của mình, Từ Hi Thái hậu tỏ ra không khoan nhượng với việc thanh trừng kẻ thù chính trị, ngay cả việc kiểm soát con trai của mình, Hoàng đế Đồng Trị và Hoàng đế kế vị Quang Tự cũng khá cao tay và nghiêm khắc.
Trước khi chết, Từ Hi để lại ba bản di chúc, mỗi bản đều vô cùng trác táng, đặc biệt là bản thứ hai.
Có thể nói, trên chính trường thời cuối nhà Thanh, Từ Hi là người nắm quyền trong 48 năm. Năm Quang Tự thứ 24 (tức năm 1908), Từ Hi Thái hậu lâm bệnh nặng và hấp hối. Ngự y bận rộn luôn chân luôn tay, kê những thuốc hồi sức để thái hậu hồi tỉnh: gạo một lượng (3,25 gram), nhân sâm năm phân (2,5 gram), đông mạch năm tiền (8/25 gram), thạch hộc tươi năm tiền, uống với nước ấm. Đây là bài thuốc cuối cùng mà Từ Hi Thái hậu được uống.
Sau đó, bà cũng không vượt qua được quy luật của tự nhiên và một canh giờ sau khi uống thuốc thì về nơi chín suối. Tuy nhiên, một ngày trước khi bà qua đời, tức chiều 14-11-1908, Quang Tự - vua áp chót của triều Thanh đã bi phẫn trút hơi thở cuối cùng, hưởng dương 38 tuổi với 34 năm làm hoàng đế. Việc Quang Tự - Từ Hi từ trần người hôm trước – kẻ hôm sau cũng khiến người ta nghi hoặc. Một trăm năm sau, các chuyên gia đã kiểm tra tóc của Hoàng đế Quang Tự và phát hiện ra rằng ông chết vì nhiễm độc thạch tín. Vì vậy, trong nhiều năm, Từ Hi Thái hậu là nghi phạm lớn nhất trong việc giết chết Quang Tự.
Ngoài ra, trước khi Từ Hi qua đời, bà đã để lại ba bản di chúc. Sau khi nghiên cứu kỹ lưỡng, nhiều thế hệ sau này đều thấy rằng sự "vô liêm sỉ" của Từ Hi là không gì sánh được. Di chúc 1: Lập Phổ Nghi là hoàng đế. Lúc đó Phổ Nghi mới ba tuổi, tại sao Từ Hi lại phong ông làm hoàng đế?
Một số người nói rằng Từ Hi Thái hậu để hoàng đế còn trẻ lên ngôi để dễ dàng nghe theo lời bà, nhưng không ngờ rằng mình lại chết sớm như vậy. Người ta cũng nói rằng Từ Hi chọn Phổ Nghi vì ông là cháu nội của Vinh Lộc - thanh mai trúc mã thời thơ ấu của Từ Hi. Bất kể thông tin nào là chính xác, thì việc lập một tiểu hoàng đế sẽ có hại cho đất nước, làm mất đi sự ủng hộ của nhân dân và quân đội, những điều này Từ Hi đã không cân nhắc, bà chỉ dựa trên sở thích và mong muốn của bản thân.
Di chúc thứ hai: Phụ nữ không được tham gia vào triều chính. Điều này bị cho là rất nực cười, vì Từ Hi đã không nghĩ rằng chính bà là chủ mưu chính phá hủy luật lệ của tổ tiên. Bởi ngay từ khi Hoàng Thái Cực bước vào nắm quyền, ông đã lĩnh hội được bài học kinh nghiệm của triều đại trước và nhiều lần nhấn mạnh phụ nữ không được làm chính trị, luật lệ tổ tiên này cũng đã tồn tại hơn hai trăm năm và vẫn chưa bị tiêu diệt nhưng đối với Từ Hi lại là ngoại lệ.
Vì Từ Hi Thái hậu là một ví dụ điển hình cho việc phụ nữ tham gia vào chính trị, để nắm được quyền lực, bà đã làm mọi cách mà quên lời dặn của tổ tiên. Điều nực cười hơn nữa là khi chết đi, bà lại nghĩ đến lời dặn này không khác gì là một cái tát giáng thẳng vào mặt.
Di chúc thứ ba: Thái giám bị nghiêm cấm nắm quyền. Vào những năm cuối cùng của triều đại nhà Minh, chính vì hoạn quan nắm quyền mà đất nước bị thất thủ. Vì vậy, từ khi nhà Thanh bước vào nắm quyền, chế độ hoạn quan được quản rất nghiêm ngặt. Khi Ung Chính nắm quyền, quyền hành của thái giám bị giới hạn, không ai có thể vi phạm quy định này.
Nhưng đến Từ Hi, tình thế bị lật ngược, trước tiên bà sủng ái thái giám An Đức Hải, sau đó là Lý Liên Anh. Lúc này, thái giám thực sự trở thành người làm chủ quyền lực, cuối cùng khiến cả triều đình lao đao. Chính Từ Hi đã tự mình phá hủy luật lệ của tổ tiên, nhưng trước khi chết, bà thậm chí còn để lại lời dạy này như một di sản cho các thế hệ tương lai, điều này thực sự đáng buồn cười.