Lúc đầu là uống nước giếng, đến cuối nhà Minh, một người thiếp đã bỏ thuốc vào giếng, thuốc này đã khiến nhiều phi tần trong hậu cung không thể mang thai, các giếng này hầu như đều thông nhau, và một giếng đã bị ô nhiễm thì các giếng khác cũng sẽ bị ô nhiễm, nếu hoàng đế uống nước này, cơ thể sẽ lại suy nhược, hậu quả vô cùng tai hại, nên từ đó về sau, các giếng này dần dần không được sử dụng nữa.
Ngoài ra, không uống nước giếng cũng là để tìm điềm lành, ai đã xem phim cung đấu đều biết rằng chốn hậu cung thường xảy ra một số âm mưu, người thì chọn cách tự tử bằng cách lao mình xuống giếng, cộng với một số người đã bị ném xuống giếng sau khi bị thê thiếp khác đánh chết, mấy trăm năm nay chắc hẳn cũng có rất nhiều ân oán ở giếng này nên không ai dám uống.
Sau đó, nước trong Hoàng môn được vận chuyển từ nước Ngọc Tuyền, vì chất lượng nước tốt, nhưng núi Ngọc Tuyền cách Tử Cấm Thành 20 dặm, tiêu tốn rất nhiều tài nguyên nên thời đó đã quy định rằng Hoàng đế có thể dùng 50 lon nước mỗi ngày, và hoàng hậu là 20 lon, trong khi cung nữ và thái giám chỉ được dùng 2 lon nước.
Một chức năng khác của việc để lại những chiếc giếng này là để phòng cháy, vì Tử Cấm Thành có kích thước lớn mà vật liệu chính để xây dựng Tử Cấm Thành là gỗ, và vật liệu chính để thắp sáng ban đêm của người xưa là đèn nên dễ gây hỏa hoạn và các giếng khoan này đều được bố trí đều ở các sân trong nên rất thuận tiện để lấy nước khi có hỏa hoạn.