Thời kì đầu (1900-1965)
FC Bayern Munich được thành lập bởi một số thành viên thuộc một câu lạc bộ thể dục ở Munich (MTV 1879). Khi đại hội của MTV 1879 được họp ngày 27 tháng 2 năm 1900 ra quyết định không cho các cầu thủ bóng đá của câu lạc bộ được tham dự vào Liên đoàn bóng đá Đức, 11 người của câu lạc bộ rời đại hội và cũng trong buổi tối đó họ thành lập nên câu lạc bộ Fußball-Club Bayern München. Chỉ trong vòng một vài tháng sau đó, Bayern có những trận thắng đậm trước các đối thủ cùng khu vực và vào tới trận bán kết Giải vô địch bóng đá Nam Đức 1900-01. Trong những năm sau đó, đội bóng vô địch một số danh hiệu trong khu vực và vào mùa giải 1910-11 Bayern gia nhập "Kreisliga", giải vô địch đầu tiên của bang Bavaria. Đội vô địch giải này ngay năm đầu tiên, nhưng đây cũng là chức vô địch cuối cùng của đội cho tới khi Chiến tranh thế giới thứ nhất nổ ra vào năm 1914, và làm ngưng trệ mọi hoạt động thi đấu bóng đá ở Đức.
Trong những năm đầu sau chiến tranh, Bayern vô địch nhiều giải đấu ở khu vực, trước khi giành danh hiệu vô địch Nam Đức lần đầu tiên năm 1926, điều mà đội lặp lại được một lần nữa 2 năm sau đó. Chức vô địch quốc gia lần đầu tiên mà đội có được là vào năm 1932, khi huấn luyện viên Richard Kohn dẫn dắt đội bóng giành ngôi quán quân sau khi đánh bại Eintracht Frankfurt với tỉ số 2-0 ở trận chung kết.
Việc Adolf Hitler lên cầm quyền đã ảnh hưởng tới sự phát triển của Bayern. Chủ tịch và huấn luyện viên của đội, vốn đều là người Do Thái, đều rời Đức. Nhiều cầu thủ khác trong đội cũng ra đi. Bayern từng bị chế nhạo là "đội bóng Do Thái" và là một đội bóng bán chuyên nghiệp Bayern cũng ảnh hưởng bởi luật mới chỉ cho phép cầu thủ bóng đá phải hoàn toàn nghiệp dư mới được ra sân. Trong những năm đó, Bayern không thể giành thêm chức vô địch quốc gia nào, thay vào đó họ chỉ đứng ở vị trí giữa bảng xếp hạng trong khu vực.
Sau Thế chiến thứ hai, Bayern trở thành thành viên của Oberliga Süd, giải đấu phía Nam của giải hạng nhất Đức, vốn được chia ra làm năm giải khác nhau vào lúc đó. Đội đã thay và sa thải 13 huấn luyện viên từ năm 1945 tới 1963. Vào năm 1955 họ bị xuống hạng, nhưng trở lại Oberliga ngay mùa giải sau đó và lần đầu tiên vô địch cúp quốc gia, đánh bại Fortuna Düsseldorf với tỉ số 1-0 ở trận chung kết năm 1957.Câu lạc bộ cũng phải đấu tranh về vấn đề tài chính, đứng bên bờ vực thẳm của việc phá sản vào cuối những năm 1950. Nhà sản xuất Roland Endler đã cung cấp số tiền cần thiết và cứu đội bóng. Vào năm 1963, các giải Oberliga được hợp thành một giải vô địch quốc gia duy nhất, giải Bundesliga. Năm đội bóng từ Oberliga phía Nam được chọn tham gia giải. Bayern về đích ở vị trí thứ 3 ở giải phía Nam năm đó, nhưng một đội bóng từ Munich khác, TSV 1860 Munich, vô địch giải đấu. Vì Liên đoàn bóng đá Đức không muốn có hai đội trong cùng thành phố cùng tham dự giải, Bayern không được chọn tham gia Bundesliga lần đầu tiên. Họ lên hạng hai năm sau đó, xây dựng đội bóng với những cầu thủ trẻ tài năng như Franz Beckenbauer, Gerd Müller và Sepp Maier - những người về sau được coi như những trụ cột của đội bóng.
Thời kì hoàng kim (1965-1979)
Trong lần đầu tiên được tham dự Bundesliga, Bayern về đích ở vị trí thứ 3 và cũng vô địch DFB-Pokal cùng năm đó. Điều này giúp họ được tham dự Cúp C2 vào năm sau, giải đấu mà họ đã vô địch một cách thuyết phục sau khi thắng Rangers F.C. của Scotland ở trận chung kết, khi Franz Roth ghi bàn thắng quyết định ấn định tỉ số 1-0 ở thời gian bù giờ.[12] Vào mùa giải 1966-67, Bayern bảo vệ thành công chức vô địch cúp quốc gia, nhưng thành tích không cao khiến họ phải thay huấn luyện viên, Branko Zebec lên thay thế. Ông đã thay đổi lối tấn công của Bayerrn với lối đá kỉ luật, và điều này giúp họ vô địch Bundesliga lần đầu tiên và giành cú ăn đôi đi đầu tiên trong lịch sử Bundesliga. Điều đặc biệt là Zebec đã chỉ sử dụng 13 cầu thủ trong suốt mùa giải năm đó.
Huấn luyện viên Udo Lattek bắt đầu lên nắm quyền từ năm 1970. Ngay trong năm đầu tiên dẫn dắt đôi, ông đã cùng Bayern vô địch cúp quốc gia. Mùa giải 1971-72, câu lạc bộ đoạt danh hiệu vô địch quốc gia thứ 3 trong lịch sử của mình. Trận đấu quyết định gặp FC Schalke 04 ở giải năm đó là trận đấu đầu tiên trên sân Olympic, và cũng là trận đấu đầu tiên trong lịch sử được truyền trực tiếp ở Bundesliga. Bayern đánh bại Schalke 5-1 và giành danh hiệu, đồng thời cũng lập nên nhiều kỉ lục, bao gồm cả số điểm và số bàn thắng ghi được trong cùng một mùa giải. Bayern cũng vô địch hai mùa giải tiếp theo, nhưng đỉnh cao là chức vô địch cúp C1 châu Âu sau khi đánh bại Atlético Madrid tại vòng chung kết, Bayern thắng 4-0 sau trận đá lại. Trong những mùa giải sau đó đội bóng không có được nhiều thành công ở giải quốc nội, nhưng vẫn bảo vệ được chức vô địch châu Âu sau khi đánh bại Leeds United ở trận chung kết giải năm 1974-1975, khi Roth và Muller ghi bàn ở những phút cuối. Một năm sau ở Glasgow, AS Saint-Étienne bị đánh bại bởi một bàn thắng khác của Roth và Bayern trở thành đội bóng thứ 3 vô địch cúp này trong 3 năm liên tiếp. Danh hiệu cuối cùng Bayern vô địch trong giai đoạn này là chiếc Cúp Liên lục địa năm 1976, sau khi đánh bại nhà vô địch Nam Mỹ năm đó là đội bóng Brazil, Cruzeiro. Thời gian còn lại của giai đoạn này Bayern không giành được danh hiệu nào. Vào năm 1977 Franz Beckenbauer chuyển tới New York Cosmos và vào năm 1979 Sepp Maier cùng Uli Hoeness giải nghệ trong khi Gerd Müller gia nhập Fort Lauderdale Strikers.
Từ FC Breitnigge tới FC Hollywood (1979-98)
Thập niên 1980 là một giai đoạn với đầy những biến động ngoài sân cỏ của Bayern, với nhiều thay đổi về nhân sự và những vấn đề tài chính. Trên sân, Paul Breitner và Karl-Heinz Rummenigge, hợp lại là FC Breitnigge, đưa đội bóng tới chức vô địch Bundesliga 1980 và 1981. Họ còn vô địch DFB-Pokal vào năm 1982, 2 mùa giải sau đó là những mùa giải không thành công sau khi Breitner giải nghệ và huấn luyện viên Udo Lattek trở lại. Bayern vô địch cúp quốc gia năm 1984, sau đó vô địch giải vô địch quốc gia năm lần liên tiếp, bao gồm một cú ăn đôi năm 1986. Tuy nhiên, thành công trên cấp độ châu lục lại không đến với họ; Bayern không giành được bất cứ danh hiệu châu lục nào, chỉ có thể giành ngôi á quân tại cúp C1 châu Âu vào các năm 1982 và 1987.
Jupp Heynckes được bổ nhiệm làm huấn luyện viên năm 1987, nhưng sau hai lần vô địch quốc gia liên tiếp vào các năm 1989 và 1990, phong độ của Bayern sa sút. Sau khi về nhì ở mùa giải 1990-91, đội bóng về đích chỉ với 5 điểm nhiều hơn nhóm xuống hạng vào mùa giải 1991-92. Vào mùa giải 1992-93, Bayern Munich bị loại ngay ở vòng hai cúp UEFA trước đội bóng Anh, Norwich City F.C., đội bóng Anh duy nhất đánh bại họ ở sân vận động Olympic. Thành công trở lại sau khi Franz Beckenbauer trở lại là huấn luyện viên vào giai đoạn hai của mùa giải 1993-94, đội giành ngôi vô địch quốc gia sau 4 năm trắng tay. Beckenbauer sau đó được bổ nhiệm làm chủ tịch câu lạc bộ.
Các huấn luyện viên tiếp theo, Giovanni Trapattoni và Otto Rehhagel đều không mang lại danh hiệu gì cho đội bóng và thành tích của đội không giống như những gì được mong đợi. Trong quãng thời gian này cầu thủ Bayern thường xuất hiện ở các trang báo tạp chí về những chuyện ở ngoài đời tư hơn là những vấn đề liên quan đến sân cỏ, và họ được đặt tên là FC Hollywood. Franz Beckenbauer trở lại vào mùa giải 1995-96 với tư cách là huấn luyện viên tạm quyền và đưa đội bóng đến chức vô địch cúp UEFA vào mùa giải 1995-96, đánh bại Girondins de Bordeaux ở trận chung kết. Ở mùa giải 1996-97 Giovanni Trapattoni trở lại và giành chức vô địch quốc gia. Nhưng ở mùa giải sau đó họ lại để mất chức vô địch vào tay đội bóng mới lên hạng 1. FC Kaiserslautern, Trapattoni lần thứ hai rời đội bóng.
Tìm lại được những thành công trên trường quốc tế (1998-nay)
Từ năm 1998 đến 2004 Bayern được dẫn dắt bởi Ottmar Hitzfeld. Trong mùa giải đầu tiên của Hitzfeld, Bayern vô địch Bundesliga và chút nữa vô địch cúp C1, thua 2-1 vào những phút bù giờ trong trận chung kết gặp Manchester United sau khi dẫn trước hầu hết trận. Mùa giải 1999-2000 đội tiếp tục thành công với cú ăn đôi vô địch quốc gia và cúp quốc gia. Chức vô địch Bundesliga thứ 3 liên tiếp đến vào năm 2001, họ vô địch tại vòng đấu cuối cùng của mùa giải. Vài ngày sau, Bayern vô địch cúp C1 lần thứ 4 sau 25 năm, đánh bại Valencia CF trên chấm luân lưu. Mùa giải 2001-02 bắt đầu với danh hiệu vô địch Cúp Liên lục địa, nhưng kết thúc mùa giải với không một danh hiệu nào nữa. Một mùa giải sau, họ có cú ăn đôi lần thứ 4, vô địch giải đấu với số điểm bỏ cách đội đứng thứ nhì kỉ lục. Triều đại của Hitzfeld kết thúc vào năm 2004, với phong độ đi xuống của Bayern, bao gồm một trận thua trước đội bóng chơi ở giải hạng hai Alemannia Aachen.
Felix Magath lên thay thế và đưa Bayern tới hai cú ăn đôi liên tiếp. Trước mùa giải 2005-06, Bayern chuyển từ sân Olympic tới sân vận động Allianz Arena, sân đấu mà câu lạc bộ chia sẻ cùng TSV 1860 München. Trên sân mới này màn trình diễn của họ ở mùa giải 2006-07 trở nên thất thường. Thi đấu không tốt ở giải vô địch quốc gia và lại thua Alemannia Aachen ở cúp quốc gia, huấn luyện viên Magath bị sa thải một thời gian ngắn sau kì nghỉ đông.
Cựu huấn luyện viên Ottmar Hitzfeld trở lại Munich vào tháng 1 năm 2007, nhưng Bayern chỉ về đích ở vị trí thứ 4 ở mùa giải 2006-07, và không được dự Cúp C1 lần đầu sau hơn một thập kỉ. Việc không vô địch Cúp quốc gia và Cúp liên đoàn khiến họ có một mùa giải trắng tay. Ở mùa giải 2007-08, Bayern Munich có những sự thay đổi lớn về đội hình để xây dựng lại. Họ mua về 8 cầu thủ mới và bán, sa thải hoặc cho mượn 9 cầu thủ khác. Các danh thủ về với đội bao gồm Hamit Altintop từ Schalke 04, Luca Toni từ ACF Fiorentina, Miroslav Klose từ Werder Bremen, và bản hợp đồng kỉ lục Franck Ribéry từ Olympique Marseille. Những bản hợp đồng mới đã có hiệu quả, và Bayern vô địch DFB-Pokal 2008 và Bundesliga, đứng đầu bảng trong mọi vòng đấu của mùa giải.
Vào ngày 11 tháng 1 năm 2008 Jürgen Klinsmann được chọn làm người kế nhiệm Hitzfeld, nắm quyền ở đội bóng từ ngày 1 tháng 7 năm 2008. Ông kí hợp đồng 2 năm với đội bóng. Trong giai đoạn lượt đi của Bundesliga 2008-09, Bayern có một sự khởi đầu phập phù, chỉ thắng 2 trận cho tới vòng đấu thứ 6, nhưng về sau bắt đầu tăng tốc. Bayer Leverkusen loại Bayern ở tứ kết DFB-Pokal. Ở cúp C1 Bayern cũng vào tới tứ kết. Họ bị FC Barcelona loại sau khi đứng đầu bảng F và đánh bại Sporting Clube de Portugal ở vòng loại trực tiếp với tổng tỉ số kỉ lục là 12-1. Vào ngày 27 tháng 4, hai ngày sau trận thua Schalke trên sân nhà khiến Bayern bị tụt xuống vị trí thứ 3, Klinsmann bị sa thải. Đây là hệ quả của những kết quả đáng thất vọng như trận thua với tổng tỉ số 5-1 trước Barcelona ở cúp C1, và trận thua 5-1 trước VfL Wolfsburg. Cựu huấn luyện viên Jupp Heynckes được bổ nhiệm làm người thay thế cho tới cuối mùa giải. Bayern cuối cùng về đích ở vị trí thứ nhì, và được vào thẳng vòng bảng cúp C1 2009-10.
Bayern sau đó kí hợp đồng với huấn luyện viên Louis Van Gaal ở mùa giải 2009-10 từ AZ Alkmaar. Trong khi vẫn đang bị hoài nghi về những trận đấu với kết quả nghèo nàn, Van Gaal dẫn dắt Bayern vào tới vòng 1/16 cúp C1 bằng chiến thắng 4-1 trước Juventus ở Turin. Họ gặp Fiorentina ở vòng 1/16. Vào ngày 9 tháng 3, họ thua 3-2 trước câu lạc bộ này nhưng vẫn vào tứ kết nhờ luật bàn thắng sân khách. Ở tứ kết họ gặp Manchester United, Bayern cũng giành được kết quả tương tự như trận gặp Fiorentina, họ hoà ManU với tổng tỉ số 4-4 và vào bán kết Cúp C1 nhờ luật bàn thắng sân khách, sau khi thắng 2-1 ở lượt đi và thua 3-2 ở lượt về. Vào ngày 27 tháng 4 năm 2010, Bayern đánh bại Olympique Lyonnais 3-0 sau khi thắng 1-0 ở trận lượt đi. Kết quả đó đưa Bayern tới trận chung kết Cúp C1 2009-10. Vào ngày 8 tháng 5 năm 2010, Bayern vô địch Bundesliga 2009-10 sau khi thắng 3-1 trước Hertha BSC Berlin.
Thành tích
Vô địch quốc gia Đức: 22
1931–32, 1968–69, 1971–72, 1972–73, 1973–74, 1979–80, 1980–81, 1984–85, 1985–86, 1986–87, 1988–89, 1989–90, 1993–94, 1996–97, 1998–99, 1999–00, 2000–01, 2002–03, 2004–05, 2005–06, 2007–08, 2009–10
Cúp bóng đá Đức: 15
1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008, 2010
Siêu cúp bóng đá Đức: 4
1983[46], 1987, 1990, 2010
Cúp Liên đoàn bóng đá Đức: 6
1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007
Cúp C1/UEFA Champions League: 4
1974, 1975, 1976, 2001
Cúp C2: 1
1967
UEFA - UEFA Cup.svg Cúp UEFA: 1
1996
Cúp Liên lục địa: 2