Mâu thuẫn của Hoàng Danh Ngọc với CLB Nam Định bắt nguồn từ sau khi V-League 2010 kết thúc. Do Nam Định xuống hạng nên cầu thủ này đã bày tỏ ý định ra đi dù không được sự chấp thuận của CLB. Thời gian sau đó, anh đã sang CLB V.Ninh Bình để tập. Không chấp nhận việc Danh Ngọc ra đi CLB Nam Định đã gửi hồ sơ lên ban kỷ luật VFF.
Ngày 13/1, ban kỷ luật Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF) đã ra quyết định kỷ luật đối với cầu thủ Hoàng Danh Ngọc do đơn phương chấm dứt hợp đồng với đơn vị chủ quản là Nam Định trước khi hợp đồng chấm dứt. Theo đó, anh bị treo giò 18 tháng ở cấp CLB và bồi thường 2,4 tỉ đồng phí đào tạo cho CLB Nam Định theo hợp đồng anh đã ký với CLB này từ khi 16 tuổi đến 23 tuổi. Sau khi nhận án phạt, Danh Ngọc đã làm đơn khiếu nại vì cho rằng mức án dành cho anh quá nặng nhưng không thành.
Chưa biết số phận ra sao với án treo giò khá nặng trên, ngày 21/4 Hoàng Danh Ngọc lại nhận tin dữ từ phía Ban kỷ luật. Theo quyết định mới nhất, anh bị phạt thêm 5 triệu đồng do chậm chễ trong việc thanh toán 2,4 tỷ đồng bồi thường cho Nam Định. Đặc biệt, nếu trong vòng 15 ngày (tính từ 21/4) tiếp theo, Danh Ngọc không thanh toán xong khoản bồi thường trên, anh sẽ bị cấm thi đấu suốt đời. Rất may, cuối cùng đội bóng cố đô đã quyết định móc hầu bao chi tiền để Danh Ngọc giải quyết vấn đề. Ngày 29/4 Danh Ngọc đã chính thức hoàn tất chuyện đền bù với Nam Định, đồng nghĩa với việc anh thoát nguy cơ bị treo giò vĩnh viễn. Sau khi hoàn tất việc thanh toán 2,4 tỷ, Danh Ngọc đã lần thứ hai làm đơn xin giảm án gửi lên VFF. Nếu phía CLB Nam Định cũng làm đơn xin giảm án, nhiều khả năng Danh Ngọc sẽ “thoát hiểm”. Sau khi nhận được tiền đền bù, phía Nam Định đã nói sẽ làm đơn xin giảm án cho Danh Ngọc, tuy nhiên hiện tại đội bóng thành Nam chưa thực hiện điều này. Phía ban lãnh đạo đội bóng thành Nam cho biết họ phải xin ý kiến chỉ đạo từ Sở văn hóa, thể dục thể thao tỉnh rồi mới đưa ra quyết định cuối cùng.