Câu lạc bộ Girondins de Bordeaux ra đời vào 1 tháng 2 năm 1882 hoặc 1 tháng 10 năm 1881, theo một số nguồn tham khảo, ban đầu với chức năng một câu lạc bộ thể thao đa năng. Đến năm 1910, dưới tác động Raymond Brard khi ông cho rằng bóng đá là môn thể thao quan trọng nhất, bóng đá mới có ở câu lạc bộ. Mãi đến năm 1919 mới tổ chức trận đấu chính thức đầu tiên của câu lạc bộ.
Le Girondins chuyển sang chuyên nghiệp năm 1937, sau khi các câu lạc bộ bóng đá ở địa phương là Sporting Club de la Bastidenne và Club Deportivo Espagnol de Bordeaux, cùng với câu lạc bộ hợp nhất là Hispano-Bastidenne lần lượt thành lập rồi giải thể. Bordeaux nghỉ hai mùa bóng trước khi chuyển sang chuyên nghiệp.
Bordeaux có được danh hiệu đầu tiên vào năm 1941 khi họ giành được Cúp bóng đá Pháp sau khi đánh bại SC Fives 2-0 ở chung kết. Phải đến 45 năm sau họ mới đoạt lại được danh hiệu này sau khi thất bại ở 6 trận chung kết.
HLV Laurent Blanc
Mùa bóng 1949–50 Bordeaux lần đầu tiên vô địch Ligue 1, chỉ một năm sau khi vô địch Ligue 2, với André Gérard là một trong những cầu thủ đóng góp lớn nhất. Hàng thủ của Bordeaux thời gian đó được đánh giá là "Pháo đài bất khả xâm phạm", với các cầu thủ nổi bật như De Harder, Kargu và Libar.
Thời gian trôi qua và Bordeaux xuống dốc dần, cho đến mùa bóng 1979-80, 13 tuần sau khi sa thải huấn luyện viên, câu lạc bộ thuê Raymond Goethals, huấn luyện viên thành công ở Anderlecht với những chiến thuật nổi tiếng của riêng ông. Tuy nhiên ông cũng chỉ làm việc ở câu lạc bộ chưa đến một năm, và bị thay thế bằng Aimé Jacquet.
Thập niên 1980 là thời điểm thành công của câu lạc bộ. Bordeaux giành được 3 chức vô địch quốc gia, 2 cúp quốc gia và thường xuyên có mặt ở đấu trường châu Âu. Cho đến đầu thập niên 1990 Bordeaux phải xuống hạng vì lí do tài chính. Chỉ một thời gian ngắn sau họ đã trở lại giải đấu cao nhất của Pháp, và có được kết quả thành công nhất trong lịch sử câu lạc bộ là lọt vào trận chung kết Cúp UEFA năm 1996.
Năm 1999 là thời điểm mạnh nhất của câu lạc bộ trong thập niên 1990. Trong mùa bóng 1998-99, Élie Baup dẫn dắt đội bóng và trong suốt mùa bóng thay nhau chiếm giữ ngôi đầu của giải vô địch với Olympique de Marseille. Trước vòng đấu cuối cùng, Bordeaux chỉ hơn Marseille có 1 điểm (69 với 68). Với bàn thắng quyết định ghi được ở phút 89, Bordeaux giành chức vô địch đầu tiên sau 12 mùa bóng, cũng là chức vô địch quốc gia gần đây nhất.
Thành công nhất ở đấu trường châu Âu của Girondins de Bordeaux là lọt vào chung kết Cúp UEFA năm 1996, sau khi phải tham dự Cúp Intertoto để có được suất tham dự Cúp UEFA. Họ lần lượt vượt qua Vardar Skopje, Rotor Volgograd, Real Betis, một chiến thắng đáng nhớ ở tứ kết trước AC Milan và bán kết thắng Slavia Praha. Ở trận chung kết Bordeaux thúc thủ trước Bayern Munich với tỉ số 1-5 sau hai lượt trận.
Sân nhà của câu lạc bộ là Sân vận động Chaban Delmas, mang tên một cựu thị trưởng của thành phố, Jacques Chaban-Delmas. Công viên Lescure là tên cũ của sân vận động này.
Huấn luyện viên hiện tại của câu lạc bộ từ năm 2007 là cựu hậu vệ đội tuyển Pháp Laurent Blanc.
Thành tích:
Vô địch quốc gia (6): 1949/50, 1983/84, 1984/85, 1986/87, 1998/99, 2008/09 Cúp bóng đá Pháp (3): 1940/41, 1985/86, 1986/87. Cúp liên đoàn bóng đá Pháp (3): 2001/02, 2006/07, 2008/09 Siêu cúp bóng đá Pháp (2): 1986, 2008 Cúp delle Alpi: 1980 Cúp Intertoto : 1995/1996