Vào năm 2007 đội bóng quyết định dùng cái tên 1899 Hoffenheim để thay cho cái tên truyền thống TSG Hoffenheim.Vào năm 2000, đội bóng còn chơi ở giải hạng năm của Đức, nhưng chỉ 8 năm sau, tức năm 2008, đội bóng đã lên chơi ở Bundesliga. Điều này có công rất lớn của chủ tịch Dietmar Hopp.
Đội bóng hiện đại ngày nay được thành lập vào năm 1945, khi câu lạc bộ thể thao Turnverein Hoffenheim (thành lập vào ngày 1 tháng 7 năm 1899) và câu lạc bộ bóng đá Fußballverein Hoffenheim (thành lập năm 1921) được nhập vào. Đầu những năm 1990, đội bóng còn chơi ở giải nghiệp dư tức giải hạng tám của nước Đức. Sau đó họ đã tiến bộ lên nhiều và vào năm 1996 họ đã chơi ở giải hạnh năm.
Vào khoảng những năm 1990, chủ tịch Dietmar Hopp trở lại đội bóng quê hương ông. Hopp là đồng sáng lập ra hãng phần mềm SAP và đã đầu tư tiền vào đội bóng. Những đóng góp của ông gần như ngay lập tức đã đạt kết quả:Vào năm 2000, Hoffenheim về đích với vị trí thứ 1 ở giải hạnh năm nước Đức và được lên giải hạnh tư. Một chức vô địch nữa giúp họ được lên chơi ở giải hạng ba vào mùa giải 2001-2002.Họ về đích với vị trí thứ 13 trong mùa giải đầu tiên ở giải hạng 3, nhưng đã tiến bộ lên ở mùa giải tiếp đó và về đích với vị trí thứ 5.
Hoffenheim về đích với các vị trí thứ 5 và 7 ở hai mùa giải tiếp theo, trước khi về đích ở vị trí thứ 4 ở mùa giải 2005-06 và có vị trí tốt nhất của họ. Lần đầu tiên đội bóng góp mặt ở cúp quốc gia Đức là vào mùa giải 2003-04 và đã thi đấu tốt, được vào tứ kết cùng Eintracht Trier, Karlsruher và Bayer Leverkusen trước khi bị loại bởi VfB Lübeck.
Kế hoạch hợp ba đội bóng TSG Hoffenheim, FC Astoria Walldorf và SV Sandhausen để lập ra đội FC Heidelberg vào năm 2005 đã không thành công do các đội bóng không thể đạt được thoả thuận về việc sẽ đặt sân ở Heidelberg hay Eppelheim. Chủ tịch đội bóng Hopp muốn đội Heidelberg, nhưng không thể chuyển vị trí của công ti Wild, nơi được cho là sẽ được phá đi để xây sân mới lên đó với cơ sở vật chất tốt.
Vào năm 2006, đội bóng muốn tăng chất lượng đội hình bằng việc mua những cầu thủ có kinh nghiệm ở Bundesliga, đáng chú ý là hai cầu thủ Jochen Seitz và Tomislav Marić, và kí hợp đồng 5 năm với Ralf Rangnick, cựu huấn luyện viên của SSV Ulm 1846, VfB Stuttgart, Hannover 96 và Schalke 04. Các công việc quảng cáo của đội bóng cũng đã được gia tăng vào mùa giải 2006-07 sau khi đội bóng được thăng hạng lên đá ở giải hạng hai nước Đức sau khi về đích ở vị trí thứ nhì ở giải hạng 3.
Đặc biệt hơn, đội bóng chỉ phải thi đấu đúng một mùa ở giải hạng hai sau khi họ về đích ở vị trí thứ nhì và được lên hạng. Mùa giải 2008-09 là mùa giải đầu tiên Hoffenheim được chơi ở Bundesliga, và họ đã đứng đầu bảng xếp hạng ở giai đoạn lượt đi. Tuy nhiên, họ đã bị tổn thất lớn khi Vedad Ibišević, người đã dẫn đầu bảng xếp hạng vua phá lưới ở giai đoạn lượt đi bị chấn thương trong một trận đấu tập với Hamburg SV. Ở giai đoạn hai của mùa bóng, Hoffenheim đã trở lại là chính mình khi chỉ về đích chung cuộc ở vị trí thứ bảy.
Trước khi được lên chơi ở Bundesliga, đội bóng cơi ở sân Dietmar-Hopp-Stadion.Sân được xây vào năm 1999 với sức chứa 5000 khán giả (1620 chỗ ngồi).
TSG 1899 Hoffenheim chứng tỏ khát vọng của họ vào năm 2006 khi ban lãnh đạo đội bóng quyết định xây sân vận động Rhein-Neckar-Arena có sức chứa 30,000 chỗ ngồi phù hợp cho các trận đấu ở Bundesliga.Sân vận động ban đầu định xây ở Heidelberg trước khi chọn là xây ở Sinsheim.
Họ mở màn mùa giải Bundesliga đầu tiên ở sân Carl-Benz-Stadion có 26,022 chỗ ngồi ở Mannheim và chơi trận đầu tiên của họ ở sân mới vào ngày 31 tháng 1 năm 2009.
Thành tích:
2. Bundesliga: Về nhì năm 2008
Fußball-Regionalliga: Về nhì năm 2007
Oberliga Baden-Württemberg (IV): vô địch năm 2001
Verbandsliga Nordbaden (V): vô địch năm 2000.