Bremen được thành lập vào ngày 4 tháng 2 năm 1889 với cái tên Fußballverein Werder bởi một nhóm gồm 16 học sinh trường dạy nghề. Những người này đã đặt cái tên đội bóng theo tiếng địa phương Đức để miêu tả một bờ sông, nơi họ lần đầu chơi bóng cùng nhau.
Đội bóng tiền thân SV Werder chơi trận đấu đầu tiên của họ vào ngày 10 tháng 9 năm 1899 gặp ASC 1898 Bremen và ra về với chiến thắng 1-0. Vào năm 1900 FV Bremen là thành viên của liên đoàn bóng đá Đức từ khi mới thành lập ở Leipzig. Đội bóng sau đó đã có một số thành công sớm, tham dự vào nhiều giải đấu và vô địch một số giải địa phương. FV tham dự vào giải Fussball Verband (NFV), một trong 7 giải đấu khu vực sau khi chuyển sang thế kỉ mới, nhưng không thể tiến hành. Họ trở thành đội bóng đầu tiên thu tiền khán giả để được vào xem họ thi đấu và dựng hàng rào trong sân đấu của họ.
Vào tháng 4 năm 1914, đội bóng trở thành một phần của Allgemeiner Bremer Turnverein 1860 và được biết tới với tên Sportabteilung Werder des ABTV. Tuy nhiên, mối quan hệ chỉ tồn tại được trong một thời gian ngắn và hai đội bóng lại tách ra sau gần 2 tháng.
Sự phát triển vững chãi sau Chiến tranh thế giới thứ nhất đã đưa câu lạc bộ tới với những môn thể thao khác và vào ngày 19 tháng 1 năm 1920 họ đội tên thành cái tên hiện tại Sportverein Werder Bremen.
Bóng đá Đức được tổ chức lại dưới thời Đức quốc xã vào năm 1933 lập nên giải đấu hạng cao nhất với 16 đội có tên Gauligen và Werder Bremen là thành viên của giải Gauliga Niedersachsen. Đội bóng giành được thành công thật sự đầu tiên của họ, giành ngôi vô địch những năm 1934, 1936 và 1937, và tham dự vào vòng đấu loại trực tiếp lần đầu tiên để lên chơi ở giải vô địch quốc gia. Cấu trúc của giải Gauligen được thay đổi qua quãng thời gian chiến tranh thế giới thứ hai và năm năm 1939 giải Gauliga Niedersachsen được tách thành hai hạng đấu. SV chơi ở giải Gauliga Niedersachsen/Nord nơi họ có chức vô địch thứ 4 năm 1942. Do chiến tranh diễn ra trên toàn đất nước, giải Gauligen mang tính chất địa phương ngày một cao hơn. Giải Gauliga Niedersachsen/Nord trở thành giải Gauliga Weser-Ems và sau đó là giải Gauliga Weser-Ems/Bremen trong 2 năm sau đó. Mùa giải 1944-45 của Werder bị dừng lại chỉ sau 2 trận.
Giống những giải đấu khác trên toàn nước Đức, đội bóng bị giải tán do sự chiếm đóng của những quân đồng minh hùng mạnh sau cuộc chiến. Họ được thành lập lại vào ngày 10 tháng 11 năm 1945 với tên Turn-und Sportverein Werder 1945 Bremen, cái tên sau đó được chuyển thành Sport-Club Grün-Weiß 99 Bremen vào ngày 4 tháng 2 năm 1946. Đội bóng chơi ở giải Stadtliga Bremen, và sau khi giành danh hiệu ở đó, họ tham dự giải vô địch phía bắc Đức, vào tới vòng tứ kết. Họ được đặt lại cái tên SV Werder vào ngày 25 tháng 3 năm 1946 trước khi tham dự vào trận playoff.
Vào thời điểm đó, bóng đá chuyên nghiệp bị cấm ở các trận đấu ở Đức, do vậy các cầu thủ thường làm những công việc khác, thường là cho các nơi ở trong vùng của câu lạc bộ. Trong trường hợp của Werder, một số cầu thủ làm việc ở công ty sợi thuốc lá, do vậy họ được đặt biệt danh Texas 11 theo tên của một trong những loại thuốc lá nổi tiếng của công ty.
Trong khoảng thời gian giữa cuộc chiến tranh và sự thành lập của Bundesliga vào năm 1963 đội bóng tiếp tục thi đấu tốt, được đánh giá là một trong 2 đội bóng hàng đầu của miền Bắc Đức cùng Hamburg SV. Vào năm 1961 họ có danh hiệu cúp quốc gia Đức đầu tiên. Màn trình diễn của họ đủ để họ có một vị trí đặc quyền ở Bundesliga, và ở giải VĐQG họ có lần thứ hai vô địch. Họ về đích ở vị trí thứ nhì mùa giải 1967-68, nhưng sau đó lại sa sút và về đích ở vị trí giữa bảng xếp hạng trong khoảng hơn 10 mùa giải sau đó. Nhằm cải thiện phong độ họ đã mua một loạt tài năng giá cao để tạo ra sự đổi mới, họ được gán biệt danh Triệu phú và có một đội hình đắt giá. Câu lạc bộ bị đánh bật ra khỏi Bundesliga lần đầu tiên và cũng là duy nhất,bị xuống hạng hai Bundesliga-Nord ở mùa giải 1980-81 sau khi về đích ở vị trí thứ 17.
Werder Bremen lấy lại phong độ dưới sự dẫn dắt của Otto Rehhagel, người dẫn dắt đội bóng tới những thành công: về nhì Bundelsiga 1983, 1985 và 1986, vô địch năm 1988; xuất hiện ở chung kết DFB-Pokal 1989 và 1990 với một chức vô địch ở đó năm 1991; theo sau đó là chức vô địch Siêu cúp bóng đá châu Âu 1992. Vào năm 1993, câu lạc bộ có danh hiệu vô địch Bundesliga lần thứ 3 và trong năm sau đó, họ có Cúp quốc gia thứ 3. Rehhagel rời đội bóng vào tháng 6 năm 1995 sau quãng thời gian ấn tượng này và có một thời gian ngắn ở Bayern Munich. Ảnh hưởng của sự ra đi của Rehhagel xảy đến tức thì, và những huấn luyện viên kế nhiệm (Aad de Mos, Dixie Dörner, Wolfgang Sidka và Felix Magath) dẫn dắt đội bóng tới những vị trí khó có thể chấp nhận. Vào tháng 5 năm 1999 cựu hậu vệ và huấn luyện viên nghiệp dư Thomas Schaaf tiếp quản đội bóng và giúp đội bóng tránh xuống hạng và đưa đội bóng đến chức vô địch quốc gia vài tuần sau.
Thành tích:
Vô địch Đức: 4 1965, 1988, 1993, 2004 Vô địch DFB Pokal: 6 1961, 1991, 1994, 1999, 2004, 2009 Vô địch cúp C2: 1 1992 Vô địch DFB-Ligapokal : 1 2006 Vô địch siêu cúp Đức : 3 1988, 1993, 1994 Vô địch cúp Intertoto : 1 1998 Kirin Cup : 2 1982, 1986